Windows 8アップグレードアシスタント（Windows8-UpgradeAssistant.exe）でダウンロードしたファイルを削除する方法を探したところ、こちらにその方法が紹介されてました。
Windows 8 アップグレード アシスタントによってダウンロードされたデータの削除について - マイクロソフト コミュニティ
簡単に説明すると、
C:¥ESD
C:¥ユーザー¥（ユーザ名)¥AppData¥Local¥Microsoft¥WebSetup
を削除すればいいようです。
インストールディスクISOを作った後はダウンロードファイルは不要ですからね。