Bash on Ubuntu on Windowsをアンインストールするには、コマンドプロンプトで
> lxrun /uninstall
を実行します。
これだけだとBash on Ubuntu on Windowsのファイルは残ってしまいます。ファイルごと消したい場合は、fullオプションをつけて
> lxrun /uninstall /full
を実行します。
［Windowsの機能の有効化または無効化］から［Windows Subsystem for Linux (Beta)］のチェックを外せばアンインストールできるように思いますが、そうじゃないんですね。
Bash on Ubuntu on Windowsはまだ不安定なので、アンインストール方法を知っておくと役に立つかもしれません。