Bash on Ubuntu on Windowsをアンインストールするには、コマンドプロンプトで
lxrun /uninstall
を実行します。
これだけだとBash on Ubuntu on Windowsのファイルは残ってしまいます。ファイルごと消したい場合は、fullオプションをつけて
lxrun /uninstall /full
を実行します。
[Windowsの機能の有効化または無効化]から[Windows Subsystem for Linux (Beta)]のチェックを外せばアンインストールできるように思いますが、そうじゃないんですね。
Bash on Ubuntu on Windowsはまだ不安定なので、アンインストール方法を知っておくと役に立つかもしれません。