Bash on Ubuntu on WindowsはUbuntu同様apt-getコマンドでアプリをインストールできます。
ただ、若干遅い。原因はAPTのリポジトリが海外のものになってるからです。
これを日本のリポジトリに変更することで若干高速化できます。
日本の利いポジ取りを参照する手順
APTのリポジトリリストは /etc/apt/sources.list にあります。このファイル中のURLのarchive.ubuntu.com，security.ubuntu.comをjp.archive.ubuntu.comに変更します。
例えばこんな感じ。
<変更前>
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu trusty main restricted universe multiverse
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu trusty-updates main restricted universe multiverse
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu trusty-backports main restricted universe multiverse
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu trusty-security main restricted universe multiverse
<変更後>
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu trusty main restricted universe multiverse
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu trusty-updates main restricted universe multiverse
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu trusty-backports main restricted universe multiverse
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu trusty-security main restricted universe multiverse
変更が終わったら
$ sudo apt-get update
を実行してローカルのパッケージリストを更新しておきます。
これで日本のリポジトリが参照されます。